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Ils sont de retour ! Après un été quelque peu aveuglé par la suspension du système SI-DEP - qui éclairait les décideurs sur la politique à conduire en matière de santé publique - Santé publique France publie de nouveau les indicateurs épidémiologiques qui permettent de suivre la circulation du virus du Covid-19. Le taux d’incidence comme ceux de positivité et de dépistage sont désormais disponibles sur la plateforme Géodes et les données sont publiées aussi bien à l’échelle nationale, régionale que départementale.
Depuis l’arrivée de nouveaux variants début août, et notamment EG.5, surnommé Eris, il était difficile, pour la population générale, d’observer l’évolution du nombre de cas positifs alors même que de nombreux Français ont vu des proches tomber comme des mouches en étant de nouveau infectés par virus. Car oui, le Covid-19 n’a pas disparu. Et comme l’a rappelé lundi 2 octobre la présidente du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires (Covars) Brigitte Autran, le pays traverse «un petit pic épidémique».
Situation qui a conduit les autorités sanitaires, après les recommandations des experts, à avancer de deux semaines le début de la campagne de vaccination contre le Covid-19, alors qu’elle devait initialement commencer en même temps que celle contre la grippe, prévue le 17 octobre.
Des indicateurs épidémiologiques moins précis
Attention toutefois à interpréter les données publiées sur Géodes avec prudence. Les taux d’incidence présentent en effet certaines limites car ils ne reflètent «que les cas confirmés biologiquement en laboratoire et non la situation réelle», précise Santé publique France. Comme moins de tests sont réalisés dans l’ensemble et que le recours aux tests en laboratoire (et non en pharmacie) peut varier dans le temps et selon les territoires, l’indicateur ne peut donner une photographie parfaitement nette de la circulation du Sars-CoV-2 dans l’Hexagone.
Ainsi, les taux d’incidence relevés sont logiquement sous-estimés car ne prenant pas compte les tests antigéniques, le mode de dépistage en principe privilégié par la population, notamment dans les grandes villes. Par exemple, l’indicateur ne dépasse pas les 30,42 nouveaux cas positifs pour 100 000 habitants en une semaine à Paris. Il est même encore plus bas dans la petite couronne : 17,1 en Seine-Saint-Denis, 25,8 dans le Val-de-Marne et 34,69 dans les Hauts-de-Seine. Ces écarts peuvent cependant s’expliquer par le fait que beaucoup de travailleurs franciliens exercent dans la capitale et privilégient peut-être les laboratoires parisiens pour réaliser leur test PCR en journée.
Néanmoins, le taux d’incidence tel qu’il est produit illustre une circulation plutôt marquée dans l’Est de la France et en Corse où l’indicateur atteint les 87 cas positifs pour 100 000 habitants en sept jours en Meurthe-et-Moselle et plus de 60 cas pour 100 000 sur toute l’île de beauté.
Quant aux taux de positivité et de dépistage, ces deux indicateurs doivent également être interprétés avec prudence car les données remises à disposition par Santé publique France sur la plateforme Géodes ne remontent qu’à la dernière semaine d’août 2023.
Les eaux usées pour muscler la surveillance de l’épidémie
Si les indicateurs sont moins précis qu’avant, du fait, principalement, d’un moindre recours au dépistage en laboratoire de biologie médicale, Santé publique France muscle le suivi de la circulation du Sars-CoV-2 avec un nouveau système de surveillance, nommé SUM’EAU. Comme son nom le suggère, il repose sur l’étude des eaux usées dans lesquelles les chercheurs peuvent retrouver du génome du virus du Covid-19 excrété par la population. Pour l’instant, ce mode de surveillance repose sur 12 sites installés dans 12 régions en France mais il a vocation à se déployer à plus grande échelle.
Des premières données, indiquant le nombre de génomes du Sars-CoV-2 détectés dans les eaux usées rapporté à la population, doivent être mises en ligne en open data dès ce jeudi 5 octobre sur le site data.gouv. «On ne peut pas, certes, identifier le nombre de cas dans la population, mais cet outil de surveillance a l’avantage d’être indépendant des comportements et du recours aux tests de dépistage», ont souligné des experts de Santé publique France lors d’une conférence de presse ce jeudi 5 octobre.
Surtout, les informations relatives à la surveillance des eaux usées devraient permettre une détection plus précoce d’une reprise épidémique. Elles feront l’objet, chaque semaine et à partir du 11 octobre, d’une analyse détaillée dans les bulletins épidémiologiques de Santé publique France, consacrés à la fois au Covid, à la grippe et à la bronchiolite.
Source: Capital
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